Successivamente rientra nella Lega Nord e nel 1994 riesce ad entrare in parlamento, ottenendo il 50,03% dei voti nel collegio uninominale della Camera Milano 8 grazie anche al sostegno delle altre liste del Polo delle Libertà. A Montecitorio fa parte della Commissione lavoro.
Nel 1996 la corsa solitaria della Lega gli costa la riconferma: ottiene infatti nello stesso collegio solo il 14,11%. È candidato per la Lega Nord anche alle elezioni suppletive del collegio Milano 6 della Camera il 21 giugno 1998, ma non va oltre il 10,09%. Quando la Lega lancia la coalizione del Blocco padano, Bernardelli capeggia il movimento Padania pensione sicura, divenuto poi Pensionati Padani e Pensionati Nord.
Nel 2000 è eletto consigliere regionale della Lombardia con la Lega Nord ed entra a far parte di svariate commissioni. L’anno successivo, in disaccordo con i vertici del partito, ritenuti troppo appiattiti sulle posizioni di Berlusconi, esce dalla Lega Nord e fonda la Lega Padana Lombardia, di cui diventa il leader.
Nel 2004 è candidato a presidente della provincia di Milano per una coalizione formata da Lega Padana Lombardia, No Euro e Fronte Cristiano, ma raccoglie solo l’1,8% dei suffragi. Non riconfermato al Pirellone nel 2005, nel 2006 conclude un accordo per le elezioni politiche con la lista Pensioni & Lavoro, pur senza candidarsi direttamente.
Dopo le elezioni del 2008 inizia una collaborazione più stretta con altri leader indipendentisti e autonomisti lombardi come Giulio Arrighini (leader di Progetto Lombardia) e Max Ferrari (leader del Fronte Indipendentista Lombardia), che sfociano nella nascita di Lombardia Autonoma, unione dei tre movimenti, della quale diventa presidente. Il movimento è stato poi ribattezzato Unione Padana (allo scopo di ampliare il suo raggio d’azione nelle altre regioni dell’Italia settentrionale) e Indipendenza Lombarda.
In occasione delle elezioni amministrative del 2016, Bernardelli si candida nelle liste della Lega Nord per il comune di Milano nel quadro di un accordo con Indipendenza Lombardatornando così a collaborare col suo ex partito, abbandonato anni prima.
Nel maggio 2017 fonda il movimento politico Grande Nord con Giulio Arrighini e Fabio Toffa (co-fondatori di Indipendenza Lombarda), Marco Giovanni Reguzzoni, Francesca Martini e Oreste Rossi (ex Lega Nord) Luca Azzano Cantarutti (già presidente di Indipendenza Noi Veneto – Noi Veneto Indipendente), unitamente ad altri esponenti del mondo politico, produttivo e sociale della Lombardia, Veneto ed Emilia Romagna.